W codziennej pracy z dokumentami spore znaczenie ma nie tylko sposób ich tworzenia, niemniej jednak też późniejsze przechowywanie, szukanie i udostępnianie. Wraz ze wzrostem liczby spraw rośnie ryzyko, że niezbędny plik zostanie zapisany w niewłaściwym miejscu, otrzyma niejednoznaczną nazwę lub trafi do kilku folderów równocześnie. Takie sytuacje utrudniają kontrolę nad dokumentacją i wydłużają wykonywanie łatwych zadań.
Program do zarządzania dokumentami daje możliwość uporządkować te procesy poprzez gromadzenie plików w jednym środowisku, przypisywanie im odpowiednich dziedzinie oraz stosowanie ustalonych zasad nazewnictwa. Ważne jest a dodatkowo dopasowanie struktury do rzeczywistego sposobu pracy. Zupełnie inaczej przeprowadza się dokumenty powiązane z obsługą klientów, a całkiem inaczej umowy, faktury, dokumentację kadrową czy materiały techniczne. Zbyt rozbudowany podział może utrudniać odnalezienie informacji, jednak zbyt ogólny sprawia, że użytkownik musi przeglądać sporo niepowiązanych plików.
W praktyce administrowanie dokumentami i archiwizacja obejmują kilka etapów, które powinny zbudować spójny proces. Dokument jest najpierw odbierany lub tworzony, następnie rejestrowany, opisywany i kierowany do właściwego miejsca. Kolejne działania mogą dotyczyć weryfikacji treści, akceptacji, przekazania do innego działu lub przechowywania przez dany czas. Istotne jest ustalenie, kto odpowiada za poszczególne czynności i które osoby mogą wprowadzać zmiany. Bez takich zasad nawet dobrze uporządkowane repozytorium z czasami staje się trudne w obsłudze. Problemem bywają też różnorodne wersje tego samego dokumentu. O ile kilka osób pracuje na osobnych kopiach, może dojść do użycia nieaktualnych danych lub pominięcia wprowadzonych poprawek. Dlatego warto określić sposób oznaczania wersji, rejestrowania przeróbek oraz zatwierdzania dokumentów. Takie reguły mają znaczenie w szczególności tam, gdzie tekst plików wpływa na rozliczenia, decyzje organizacyjne albo realizację zobowiązań.
Przenoszenie dokumentacji do postaci elektronicznej wymaga uwzględnienia nie tylko i wyłącznie samego skanowania, lecz też jakości plików i sposobności ich późniejszego odczytu. Skan może być nieczytelny, zawierać niepełne strony albo nie zachowywać właściwej kolejności załączników. Z tego powodu potrzebna jest kontrola materiałów po digitalizacji, zwłaszcza w sytuacji dokumentów o znaczeniu formalnym. Pomocne bywa rozpoznawanie tekstu na obrazach, ponieważ umożliwia szukanie konkretnych słów bez ręcznego otwierania każdego pliku. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może też obsługiwać metadane, takie jak data zaprojektowania, rodzaj dokumentu, numer sprawy czy termin przechowywania. Ich prawidłowość ma bezpośredni wpływ na wyniki wyszukiwania. Jeśli opisy są niepełne lub niespójne, część dokumentacji może pozostać niewidoczna w trakcie filtrowania. Należy też pamiętać, że cyfrowe archiwum nie eliminuje konieczności wykonywania kopii zapasowych, sprawdzania sposobów odtworzenia danych i kontrolowania dostępu do plików.
Przy organizowaniu elektronicznego obiegu dokumentów należy uwzględnić wymagania prawne, rodzaj przetwarzanych informacji oraz okresy przechowywania poszczególnych materiałów. Nie każdy dokument można usunąć po zakończeniu panującej sprawy, a samo przeniesienie pliku do archiwum nie oznacza automatycznie, że spełniono wszystkie obowiązki związane z jego ochroną. Osobnego ustalenia wymagają uprawnienia użytkowników, zasady udostępniania danych a także sposób postępowania po upływie okresu przechowywania. W sytuacji dokumentacji zawierającej dane osobowe ważne jest ograniczenie dostępu do ludzi, którzy potrzebują tych informacji do wykonywania swoich obowiązków. Znaczenie ma również przygotowanie procedury na wypadek awarii, przypadkowego usunięcia plików lub odejścia pracownika odpowiedzialnego za konkretny obszar. Wdrożenie nowych rozwiązań musi uwzględniać istniejące zasoby, ponieważ przeniesienie wieloletniej dokumentacji może ujawnić duplikaty, braki w opisach i niezgodności między wersją papierową a elektroniczną. Uporządkowanie tych kwestii wymaga określenia zasad postępowania z dokumentami, które będą stosowane też po zakończeniu początkowego etapu wdrożenia.
Zobacz również: kontrola czasu pracy pracownika.